Marina de Cudeyo está formado por ocho poblaciones: Agüero, Elechas, Gajano, Orejo, Pedreña, Pontejos, Rubayo (capital) y Setién.

Pedreña: Tiene 1.489 hab. (2004), es la localidad más poblada de este municipio. Está a 38 m de altitud y a 3 km de Rubayo. Destaca este pueblo por su emblemático campo de golf, inaugurado en 1928 y su equipo de remo centenario. Aquí se encontró el Tesorillo de Ambojo, un conjunto de monedas medievales halladas en las cercanías del cementerio, declarado Bien de Interés Cultural en 2002.

Agüero: Tiene 215 hab. (en 2004), está a 4 km de Rubayo y a 60 m de altitud. El conjunto histórico de Agüero fue declarado Bien de Interés Cultural en 1985 por sus construcciones medievales y de la Edad Moderna. Cabe destacar el castillo de los Agüero, de los siglos XIII–XIV; la casa de Pedro de Oruña Montecillo, del siglo XVII; la iglesia parroquial de San Juan, fundada en el siglo XIV bajo el patronazgo de Pedro González de Agüero; y el puente medieval situado sobre el río Miera.

Elechas: Tiene 422 hab. (2004), esta población se encuentra a 1,5 km de Rubayo y a una altitud de 35 m. De su patrimonio destaca la casa de Francisco de Hontañón Riba Cudeyo, edificada en la segunda mitad del siglo XVII y ejemplo del clasicismo tardío.